La lista de especies de flora recomendadas es sumamente extensa en el caso de los jardines botánicos dentro de la Gran Área Metropolitana (GAM). En el Valle Central hay más de 2 000 especies nativas. Por tanto, se mencionarán algunas características que deberían cumplir. 

Se recomienda cultivar especies nativas de Costa Rica y de ser posible, especies nativas de los alrededores de la Gran Área Metropolitana y del Valle Central, para que así el jardín botánico tenga un mayor énfasis en cuanto a sus colecciones de plantas vivas. Estas pueden ser especies que crezcan bajo el mismo piso altitudinal y en la misma zona de vida. En el caso de la GAM, se encuentra en el bosque húmedo premontado y montano bajo. Lo anterior aplica para plantas, árboles y arbustos, por ejemplo. 

Se puede utilizar cualquier planta que pueda cultivarse bajo las condiciones que le pueda ofrecer el jardín en cuestión, como lo es la temperatura, precipitación, humedad, suelo, entre otras. 

Es importante mencionar que muchos jardines botánicos se especializan en ciertas variedades de flora para generar colecciones de plantas vivas, exhibiciones o ejecutar investigaciones. Por ejemplo, desde 1973 el Jardín Botánico Lankester se especializa en la exhibición, conservación e investigación de plantas epífitas tropicales, con énfasis en orquídeas. Por otro lado, el Jardín Botánico Wilson ubicado en San Vito de Coto Brus, se especializa en una colección y exhibición de palmas. 

Se recomienda que la especialización sea con especies que pertenezcan a la misma zona de vida y al mismo piso altitudinal en donde esté ubicado el jardín. Al mismo tiempo, se recomienda cultivar lo menos posible especies ornamentales comunes traídas de otras regiones como Europa, América del Norte o Asia, para permitir la regeneración de especies endémicas de importancia ecológica local y para evitar o reducir la proliferación de especies exóticas invasoras.  

El escenario ideal para implementar un jardín botánico, es contar con un terreno que no tenga pendiente y su diseño vaya de la mano con el acceso universal para toda la población. Es recomendable que la red de senderos no cuente con gradas y tenga un ancho mínimo de 1.8 metros, para que dos personas puedan caminar, la una a la par de la otra. En general, se deben de tener todos los requerimientos de la Ley Nº7600-Ley de Igualdad de Oportunidades para las Personas con Discapacidad. 

En caso de contar con un terreno que contenga pendientes, se recomienda no situar la red de senderos principales en estas zonas. Se sugiere ubicar únicamente los senderos secundarios en los sectores que presenten pendiente. Es necesario que estos cuenten con una rotulación que indique claramente que presentan algunas dificultades para ser transitados, como gradas, por ejemplo. Es importante que estos senderos sean diseñados a partir de materiales que tengan cierta porosidad y rugosidad para que no se conviertan en pasos resbalosos y, por ende, peligrosos para las personas visitantes y colaboradores. 

Asimismo, si se van a sembrar árboles se debe contar con una profundidad del suelo suficiente y que la superficie no tenga una capa muy compactada de tierra para que estos, puedan desarrollarse de la mejor manera. Lo ideal es que el hoyo en el cual se va a plantar el árbol, tenga al menos el doble del ancho del fuste y la profundidad de la raíz o contenedor. Una vez realizado esto, el espacio alrededor del árbol se rellenará con un sustrato de compost orgánico mezclado con tierra. Esta mezcla deberá de estar suelta y aireada para que las raíces puedan penetrar con mayor facilidad. Puede ver más información en la Guía para la aplicación del protocolo de reforestación para la rehabilitación y mantenimiento en las áreas de protección de la Gran Área Metropolitana, elaborada por el Sistema Nacional de Áreas de Conservación (SINAC), la Compañía Nacional de Fuerza y Luz (CNFL) y la Municipalidad de San José (MSJ). 

Si el terreno del jardín botánico cuenta con zonas donde la pendiente es superior a 30º, no se recomienda plantar árboles grandes en estos sectores. Lo anterior puede comprometer la estabilidad del terreno generando erosión, deslizamientos y situaciones de riesgo. En estas zonas se deben de sembrar árboles de porte pequeño a mediano, como lo son el Targuá, Guácimo y Guapichelín, por ejemplo. Es ideal que el jardín botánico sea un espacio abierto para las personas visitantes, ya sea de carácter público o colectivo/privado. Si el espacio es abierto, las personas se verán más atraídas a visitarlo. De igual forma, el jardín suele ser visitado por una gran cantidad de personas en las distintas temporalidades (mañana, tarde y noche). Con la visitación, la percepción de seguridad de aumentará: Se generará apropiación, convivencia e integración social, las cuales son alternativas para ambientes seguros dentro de la ciudad. 

En caso de que se necesite cerrar el jardín (por ejemplo, si se cuenta con un programa arquitectónico que contenga laboratorios) se recomienda implementar una barrera perimetral que funcione como una barrera/pared vegetal (ver ficha Fachada Verde). Esto se puede lograr colocando una malla electro soldada, por ejemplo, en la cual se puedan cultivar enredaderas nativas y funcione como una pared o muro verde. De esta forma, la división no es tan abrupta visualmente, se integra al espacio vegetal de una forma armoniosa y se obtienen los beneficios de la fachada verde dentro y fuera del jardín botánico. 

Es ideal que el terreno donde se vaya a realizar el jardín botánico dentro del GAM, esté ubicado cerca de algún riachuelo o quebrada, teniendo estos una función muy importante a nivel ambiental y sobre todo en ambientes urbanos deteriorados. Si se tiene un riachuelo o quebrada cerca, se va a generar más humedad ambiental, lo cual favorece directamente el ecosistema del jardín. Además, esto ayudará a tener agua para regar las plantas, especialmente durante la época seca. Por otro lado, al estar cerca de algún riachuelo, se puede diseñar un curso de agua, otorgándole un valor paisajístico y estético a estos pulmones verdes. A su vez, si está situado cerca o si pasa algún afluente por el jardín, será un valioso paso de fauna y un oasis importante dentro de un corredor biológico. 

De igual forma, en caso de tener la posibilidad de construir un pozo dentro del sitio, es una gran ventaja. La construcción de un pozo, la cual va de la mano con la obtención de una serie de permisos y requerimientos legales (consultar Ley N° 276-Ley de Aguas y el Decreto Nº 41851-MP-MINAE-MAG), va a contribuir a tener agua para el riego de la flora. En caso de que el agua sea potable (se deberán realizar constantemente análisis químicos y microbiológicos), se puede utilizar para que las y los colaboradores y visitantes la consuman. Dentro del jardín, no se recomienda colocar fuentes de agua o alimento como frutas a los animales, sino más bien dejar que se adapten a las condiciones que les ofrece el sitio y se apropien de este ambiente natural. 

En cuanto al programa arquitectónico, se recomienda incluir una tienda, una cafetería y en algunas ocasiones, un pequeño auditorio. En caso de ser un jardín botánico donde se realice investigación, se requiere de infraestructura adecuada como un laboratorio, oficinas, una biblioteca e incluso se podría ofrecer hospedaje para el equipo de investigación. 

Un riesgo que se corre, principalmente en época lluviosa, son los accidentes por parte de las personas visitantes. Si no se le da un correcto mantenimiento, reparaciones y limpieza constante para remover musgos, los visitantes corren riesgo de tener accidentes en la red de senderos.  

Se pueden dar accidentes por medio de ciertos tipos de vegetación. De esta forma, se recomienda ubicar las plantas con espinas o que tengan frutos venenosos llamativos, lejos de zonas de paso, o generar alguna barrera vegetal, para evitar que los niños tengan contacto directo con estas. También, se recomienda implementar rotulaciones de advertencia cuando exista vegetación que pueda generar accidentes.  

Una limitación importante es el cambio climático puesto que algunas especies de plantas, ya no se pueden cultivar dentro de estos laboratorios naturales, debido al aumento de las temperaturas, más aún en contextos urbanos deteriorados. Algunas otras especies que se cultivaban fácilmente sin riego, ahora lo necesitan constantemente para poder sobrevivir. 

Primeramente, en un jardín botánico, las oportunidades van de la mano con la creación de un plan de desarrollo, para priorizar en qué se debe invertir y qué metas son realizables a corto, mediano y largo plazo. 

Por otro lado, es una oportunidad para la población urbana de tener contacto con la naturaleza. Son espacios que promueven el recreo, favorecen la salud mental y física, y debido a su alto valor estético se convierten en espacios que fomentan el turismo tanto local como internacional. De esta forma, si se tiene una alta visitación, una gran cantidad de habitantes podrían pagar una entrada, lo cual contribuye a generar recursos económicos para la administración, mantenimiento y para programas de educación ambiental y concientización. 

De igual forma, los jardines botánicos que se dedican a la investigación y que permiten el cultivo de plantas vivas, contribuyen al estudio del material vegetal, lo cual representa una fortaleza que tienen estos sitios. De esta forma, estos espacios se comportan como laboratorios naturales. En ocasiones se cuenta con poca información de cómo reproducir algunas especies vegetales, sus cuidados y tratamientos. De esta forma, estos espacios representan una importante oportunidad para generar y documentar este conocimiento.  

Asimismo, los jardines botánicos que implementan un programa de educación ambiental, generan un impacto positivo en cuanto a la sensibilización de la población con respecto a la biodiversidad y ecología, en especial en regiones urbanas con deterioro ambiental. Al mismo tiempo, responden a una necesidad de contar con espacios verdes dentro de estas regiones deterioradas.